在日本，HPV疫苗的覆盖率已从2013年的70%骤降至如今的不到1%。此前，一项初步的(据称是欺诈的)小鼠研究表明，疫苗会导致脑损伤，并被媒体传播，同时未经证实的视频报道称，女孩在接种疫苗后会出现癫痫。

　　反疫苗组织还指责疫苗注射导致慢性疼痛、心脏和神经系统问题。尽管没有发现证据支持父母和反疫苗组织的说法，但政府决定暂停对HPV疫苗的主动建议，这并没有起到任何作用。

　　尽管有可靠的科学依据，但一些不可靠的声明在日本引发了疫苗恐慌

　　需要明确的是，HPV疫苗被世界各地的公共卫生和科学团体视为预防癌症的安全和有效工具。在美国，建议9到26岁的男孩和女孩服用。

　　没有可靠的数据表明HPV疫苗会引起严重的安全问题。有史以来最大的概述所有可用的疫苗安全数据从2006年到2015年,发表在《儿科传染病杂志,以及另一个BMJ研究涉及大约一百万名女孩在丹麦和瑞典,没有发现疫苗之间的关联和一系列危害,包括自身免疫、神经、还有心血管不良事件。欧洲药品管理局最近也研究了科学证据，发现疫苗和人们所归咎于的疼痛和其他症状之间没有联系。

　　世界卫生组织(World health Organization)全球疫苗安全咨询委员会(Global Advisory Committee on Vaccine safety)今年6月表示:“目前累积的安全研究包括数百万人，比较了接种疫苗和未接种疫苗的受试者的各种健康后果的风险。”然而，“尽管有大量关于这种疫苗的安全数据，人们的注意力仍然集中在虚假病例报告和未经证实的指控上。”