益生菌的副作用，如果发生，往往是轻度的和消化道的。实际上，某些副作用可能是益生菌起作用的一个好兆头。
使用益生菌后的头几天，有些人可能会发现一些轻度的腹胀或胀气，并且消除的机会增加。尽管症状可能不方便，但它们也是暂时的。这表明益生菌正在努力抵抗肠道中存在的有害细菌。
这些症状通常仅持续几天。消除这些副作用所需的时间取决于您的肠道健康以及您是否服用一些常用药物，例如：止痛药，止痛药，类固醇，消炎药，安眠药，避孕药，抗酸药，疫苗等杀死或干扰有益菌群的生长。如果您可以消除或至少减少这些药物，则您有更大的机会更快地消除不便。
